南通市第二人民医院消化科创建于1995年，2009年获评南通市临床重点专科，南通市“十三五”、“十四五”科教强卫工程医学重点学科（建设单位）。目前核定床45张，门诊接诊约18000人/年，住院诊疗约1600人/年。科室拥有高级职称医师6人，博士1人，硕士3人，省市级专科护士5人，南通市“226人才”1人。学科拥有奥林巴斯290胃肠镜、超细胃镜、放大内镜、十二指肠镜、飞利浦ERCP专用C臂机、爱尔博电外科工作站、胃肠动力治疗仪、尿素呼气试验检测仪及光动力肿瘤治疗仪等专用设备。常规开展消化道出血、急性胰腺炎、肝硬化及其并发症、炎症性肠病等疾病的诊断与治疗。经过20余年的发展，消化科已经形成以“内镜微创诊治消化系疾病”的诊疗特色。目前我科开展项目包括无痛胃肠镜检查，内镜下消化道息肉摘除术，消化道早癌的早诊早治EMR、ESD术，鼻空肠营养管置入、内镜下消化道梗阻支架置入、狭窄扩张及异物取出术，食管胃底静脉曲张破裂出血的硬化、套扎治疗，ERCP及胆管支架置入、结石取出术，肝癌TACE术及PTCD引流支架植入术等诊疗技术。

  消化科在临床、基础科研方面，近年获10余项市级以上科研课题，获南通市新技术引进一等奖2项、二等奖1项、三等奖10项，发表SCI、中华及核心、其他期刊论文30余篇，举办国家级及省市继续教育项目8次，学员数千人次。